1950-1955: Op weg naar betaald voetbal
In het seizoen 1950-1951 werden er voor het eerst afdelingen ingevoerd in plaats van de oude districten-indeling. Zo kwam het dat NEC voor het eerst ook ingedeeld werd bij teams uit het Westen. Ajax, DOS, DWS (de latere kampioen) en ’t Gooi om precies te zijn. NEC begon sterk, met overwinningen op o.a. Vitesse en Ajax, maar toen er in Amsterdam met 4-1 werd verloren kwam NEC in een vrije val terecht. Toch behaalde NEC nog de zesde plek.
Tijdens de algemene ledenvergadering die in hartje zomer werd gehouden, werd besloten om de contributie te verhogen, zodat het clubblad kon blijven bestaan. Dit om een idee te geven met welke zaken NEC in die tijd bezig was. Heel wat anders dan de tonnen die nu door de begroting van de club vliegen.
Voor seizoen 1951-1952 werd NEC als enige Oostelijke club ingedeeld bij teams uit het Westen en Zuiden. NEC werd negende, veertien punten achter kampioen Hermes DVS, en dat viel eigenlijk nog niet eens tegen. Niet alleen de tegenstanders in deze competitie waren erg zwaar, ook het oefenen met het stopperspilsysteem vergde wat aanpassingstijd. Een seizoen eerder speelde NEC nog in het oude vertrouwde 2-3-5 systeem. Nu, werd er geoefend met het stopperspilsysteem, waar andere clubs al veel eerder mee waren begonnen. Bij het stopperspilsysteem werd er voor het eerst gebruik gemaakt van de term (voor)stopper en schoof er een man van het middenveld terug naar de verdediging.
Eén van de belangrijkste trainers van de NEC geschiedenis tot nu toe was trainer Bijl. Zijn contract werd verlengd aan het begin van seizoen 1952-1953. Men ging er van uit dat NEC dit jaar een beter seizoen zou gaan draaien, want op papier leek de indeling deze keer wel gunstig. Op papier misschien wel, maar in de praktijk viel het toch erg tegen. Kampioen werd RCH, maar de rest zat heel dicht bij elkaar, waardoor NEC tot op vier wedstrijden van het einde nog steeds niet zeker was van lijfsbehoud. NEC eindigde op de tiende plaats met slechts 5 punten voor de nummer laatst Frisia (nee niet van Leen van Frisia).
Dat ging niet zonder slag of stoot. Al enige tijd vertrokken er vele topspelers zoals Wilkes, Rijvers en Bakhuys naar het buitenland om daar geld te gaan verdienen bij profclubs. Ook in Nederland werd een bond voor beroepsvoetbal opgericht (NBVB), die opvallend veel aandacht kreeg. De KNVB was altijd fel tegen profvoetbal geweest, maar dat standpunt werd steeds moeilijker te handhaven. Zeker toen de eerste klassers bij elkaar waren gekomen en de KNVB min of meer het mes op de keel hadden gezet.Seizoen 1953-1954 was nog geen maand oud of het droevige nieuws kwam binnen dat oprichter, Oud-voorzitter, erelid, maar vooral ook “de vader van de vereniging” zoals hij toen genoemd werd was overleden. Guus Lodenstijn was geliefd en het nieuws hakte er uiteraard erg in bij de leden. Misschien was het een eerbetoon aan hem of het elftal van dat jaar was gewoon goed, maar NEC speelde een uitstekend seizoen en behaalde een mooie vierde plaats, vier punten achter kampioen DWS en de nummer twee Ajax en twee punten achter Haarlem, waar NEC wel twee keer van had gewonnen dat seizoen. Het leverde niet alleen NEC veel lof op, ook de NEC spelers verdienden de nodige lof en kwamen in vertegenwoordigende elftallen terecht. Hoogtepunt daarbij was toch wel de selectie van Paul Meijers in het Nederlands Elftal voor de wedstrijd van Oranje tegen Noorwegen in Oslo, waar helaas wel een 4-0 nederlaag werd geleden. Met dit mooie seizoen werd een periode afgesloten. De periode van amateurvoetbal wel te verstaan, want op de achtergrond werd hard gewerkt aan de invoering van profvoetbal in Nederland en NEC ging meedoen!
Op 2 augustus 1954 was de algemene ledenvergadering en er werd uiteraard gesproken over de vergadering bij de KNVB twaalf dagen later waar beslist zou gaan worden over het betalen van spelers. Wat moest NEC doen? Amateur blijven of meedoen? Een belangrijk en ook moeilijk besluit voor de leden en het bestuur. In het bestuur waren de meningen verdeeld, maar uiteindelijk trad het bestuur toch als één blok naar buiten. Ze vonden dat NEC het moest doen. Bij de beslissing had zeker meegespeeld dat Quick al had gezegd dat ze niet mee zouden doen en dat een nee van NEC zou betekenen dat Nijmegen geen profvoetbal zou krijgen. De leden stemden unaniem voor het voorstel van het bestuur, maar er waren ook wel wat zorgen die kenbaar werden gemaakt. Paul Meijers was al vertrokken naar NBVB-club De Graafschap. Er waren ook minder toeschouwers, terwijl de recettes de enige inkomsten waren van de club en ook het betalen van de spelers zou veel geld gaan kosten. Toch werd de knoop doorgehakt.Men besloot op 14 augustus 1954 om toe te staan dat er vergoedingen aan spelers werden gegeven. Dat was een eerste stap, maar die “wilde” profbond was er nog steeds en twee bonden, dat was zeker niet ideaal. Dus werden de stoute voetbalschoenen aangetrokken en werd er contact gezocht met de NBVB. Op 13 november werd bij de KNVB de beslissing genomen om een akkoord met de NBVB te ondertekenen. Dat werd goedgekeurd en zo kon twaalf dagen later in Den Haag een belangrijk besluit worden genomen: Profvoetbal werd toegestaan en de NBVB ging op in de KNVB en zo was er dus weer één voetbalbond. Wat betekende dit allemaal voor NEC?
Voetbalseizoen 1954-1955 werd door alle ontwikkelingen echt heel vreemd. Tot 13 november was er een competitie waar spelers betaald werden op basis van het besluit van de KNVB van 14 augustus. NEC begon goed met overwinningen op Rigtersbleek en Zwolsche boys. Op 13 november werd de competitie echter gestaakt, vanwege de samenvoeging van de KNVB met de NBVB. Een nieuwe competitie betaald voetbal werd vanaf die datum ingevoerd, die bestond uit vier afdelingen met ieder 14 clubs. De eerste 9 van iedere afdeling zou het volgende jaar in de hoofdklasse uitkomen. Voor NEC werd het een teleurstellend seizoen. NEC zou de hoofdklasse niet halen. Een harde klap voor heel NEC en het Nijmeegse.